Tendo Madre Francisca sido deposta, a nova Superiora Geral, notando a precária saúde da Fundadora, a convidou a ir para Bamberg na casa de sua irmã Edwig, uma fiel amiga das irmãs. Estando na Alemanha, as duas irmãs tiveram a oportunidade de rezar juntas no túmulo de seus pais. Depois de duas semanas, Madre Francisca retornou a Viena para fazer 10 dias de exercícios espirituais, dirigidos por Pe. Jacquemin, que veio especialmente de Roma. Em 15 de outubro de 1896, a Superiora Geral acompanhou Madre Francisca a Roma, que permaneceu na Casa Mãe por cerca de nove anos.

​

Para as irmãs de toda a Congregação, o afastamento de Madre Francisca do cargo de Superiora Geral foi experimentado como uma calamidade. Todas a estimavam por sua piedade, seu zelo, sua dedicação, seu espírito de sacrifício e seus dons humanos. As irmãs a viam como uma pessoa santa e iluminada por Deus. Atraídas pelo modo como ela vivia essa situação, as irmãs logo perceberam na mudança, às mãos da Providência, que já havia guiado Madre Francisca muitas vezes "por caminhos inusitados". Elas perceberam que sua missão não tinha acabado, na verdade mais do que antes, no silêncio e na oração, Madre Francisca era um presente para a Congregação.

​

Ela estava sempre bem disposta e aconselhava a nova Superiora Geral que apreciava sua ajuda. Muitas vezes ela manifestava sua alegria por poder rezar pela Congregação em frente ao tabernáculo, onde passava muitas horas do dia e da noite. Praticava todos os dias o exercício piedoso da Via Sacra meditando sobre a Paixão de Jesus. Durante dois anos, por motivos de saúde, só participava da oração comum e da recreação, mas assim que melhorou, estava pronta para qualquer trabalho doméstico e aberta a todas as necessidades. . Ela ensinava música de boa vontade às irmãs, animava a recreação da comunidade e dispunha a alma de cada uma à alegria, expressando assim a beleza da consagração. Logo pela manhã ia a S. Pedro para rezar em frente à Pietà e depois seguia para a capela do SS. Sacramento e se colocava em adoração; seu lugar preferido era o genuflexório em frente à grade da mesma capela.

​

O ano santo de 1900 foi uma oportunidade extraordinária para ela reavivar o espírito de penitência e oração. No tempo da Quaresma, visitava as sete basílicas e outras igrejas de Roma.

A influência positiva de Madre Francisca na Casa Mãe foi resumida pelo Visitador do Papa Pio X. Ele felicitou o espírito que reinava na comunidade e encorajou as irmãs a continuarem serenas e alegres.

Em 2 de julho de 1905, apesar dos sessenta anos, Madre Francisca foi transferida para Castel Sant'Elia. Ai ela se dedicou ao cuidado das crianças menores e mais necessitadas e o fez com entusiasmo juvenil. Ela batia na porta da cozinha e se colocava à disposição para ajudar a cozinheira. Sempre que possível, ia ao santuário do vale, descendo os vários degraus esculpidos no tufo, fazendo uma pausa para a oração e a meditação diante do Santíssimo Sacramento e diante da imagem de Maria. O Profeta Elias, vislumbrado na visão das duas montanhas, no Carmelo de Himmelspforten, a introduziu na contemplação do mistério de Deus que a enchia de paz. Às Irmãs, que por ocasião do Capítulo Geral realizado nos Estados Unidos, desejavam tê-la novamente como Superiora Geral, ela respondeu que agora podia fazer mais do que antes e agradecia a Deus por tê-la liberado deste cargo.